Organe upravljanja Univerziteta Mediteran Podgorica čine: Skupština osnivača, Upravni odbor i Predsjednik Univerziteta.
Skupštinu osnivača čini sljedeća pravna lica i pojedinci:
- Atlas Invest d.o.o. Podgorica
- Jadranski sajam a.d. Budva
- Atlas banka a.d. Podgorica
- DZU Investicionim fondom Atlas mont a.d. Podgorica
- Prof.dr Stevan Popović
Upravni odbor Univerziteta Mediteran Podgorica čine:
- prof. dr Janko Radulović, predsjednik osnivača
- prof.dr Marija Janković, predstavnica osnivača
- dr Meliha Ramusović, predstavnica osnivača
- Marko Nikolić, predstavnik osnivača
- Branislav Krtinić, predstavnik osnivača
- Ljiljana Ćetković, predstavnica osnivača
- Filip Žugić, predstavnik studenata
Predsjednik Univerziteta Mediteran Podgorica je dr Duško Knežević,
koga zastupa Opunomoćeni zastupnik predsjednika, Prof.dr Nebojša Šarkić.