Organi Univerziteta Mediteran su organi upravljanja, organi rukovođenja, akademska tijela i studentski parlament.

Organi upravljanja UM-a su: Skupština osnivača, Upravni odbor i Predsjednik univerziteta.

Organi rukovođenja UM-a su: Rektorat (Rektor, Prorektori, Generalni sekretar), Rektorski kolegijum (u užem i širem sastavu), Izvršni direktor i Stručne službe.

Akademska tijela UM-a čine: Senat, Etički i Uređivački odbor

Studentski parlament čine izabrani predstavnici svih fakultetskih jedinica UM-a.